Wisata kepulauan seribu sudah sangat terkenal didalam negeri maupun luar negeri karena keindahaan alamnya yang masih sangat alami. Meliputi ragam flora dan fauna yang masih terjaga asri karena dijaga dan dilindungi oleh UU Mentri Kehutanan RI. Keindahaan alam bawah laut yang terdiri dari berbagai macam species ikan ataupun beraneka ragam jenis terumbu karang, tak kalah indah dan menakjubkan dari taman laut bunaken.
Taman nasional kepulauan seribu terdiri dari peraiaran laut dangkal dan pulau-pulau kecil disekitarnya, kita dapat melihat pulau satu dari pulau lainnya. Para wisatawan pasti akan terpesona dengan pemandangan pulau-pulau yang berjejer di tengah laut dengan ombaknya yang tenang . Dengan kedalaman laut sekitar 20-40 m samar-samar terlihat biota laut yang beraneka ragam. Itulah mengapa tempat wisata kepulauan seribu dinamakan surganya para diver dalam mengeksplorasi keindahan terumbu karang bawah laut.
Pada umumnya ekosistem terumbu karang di tempat wisata Kepulauan Seribu berbentuk karang tepian ( fringing reef) karna tumbuh dan menyebar mulai dikedalaman 1-20 m. Secara tidak langsung bentuk karang tepian dapat mengurangi kecepatan deburan ombak pada pantai yang dapat menyebabkan erosi pantai.
Topografi daratan gugus kepulauan seribu bersifat landai (datar). Dengan iklim ferguson dan schmind (tipe iklim A). Wilayah ini terpengaruh oleh dua musim pada tiap tahunnya. Musim barat antara bulan januari sampai februari dan musim timur antara juli sampai agustus. Sehingga daerah Kepulauan Seribu bersifat tropika basah. BMG mencatat bahwa setiap bulannya curah hujan di Jakarta dan Kepulauan seribu berkisar antara 124,78mm pada bulan agustus, dan 354,38 mm pada bulan januari. Sehingga rata-rata curah hujan setiap tahun 3.810,27 mm
Dishidros angkatan laut pada 1986 menghitung rata-rata tinggi gelombang air laut sekitar wilayah kepulauan seribu sebesar antara 0,5-1,5 meter pada musim barat, kemudian 0,5-1,0m pada musim timur. Variasi tinggi gelombang dipengaruhi kecepatan angin yang bervariasi antara wilayah satu dengan wilayah lainnya. Karena letak kepulauan seribu yaitu tepat di perbatasan perairan laut terbuka. Tentu sebagai orang Indonesia kita bangga memiliki objek Wisata kepulauan seribu. (Baca : WOW, Inilah Tempat Wisata paling menarik di Jakarta )